司马迁生活于汉武帝时代，按他父亲司马谈的说法，开始还是独尊黄老道家的，这一点从六家要旨可以看出。后来独尊儒术，说明在汉武帝统治的这几十年中产生了这一巨大转变。这可以认为，在汉武帝时代，儒学开始独尊。《史记》中有《孔子世家》、《仲尼弟子列传》和《儒林列传》，分别记载孔子身世、孔子弟子的情况以及

　　《孔子世家》详细叙述了孔子的家世以及他的成长过程，东游各国，所遭遇的困难。与诸侯王答对中，讲了一些话，有的就是现在《论语》中的语录。司马迁记述这些内容时，字里行间透露出一种崇拜心理。他在最后说：“《诗》有之：‘高山仰止，景行行止。’虽不能至，然心乡（向）往之。余读孔氏书，想见其为人。适鲁，观仲尼庙堂车服礼器，诸生以时习礼其家，余祗回留之不能去云。天下君王至于贤人众矣，当时则荣，没则已焉。孔子布衣，传十余世，学者宗之。自天子王侯，中国言《六艺》者折中于夫子，可谓至圣矣！”以历代天下君王作为这个布衣的陪衬，可见他的崇拜心情。“至圣”的说法，这也是第一次。从此以后，历代称孔子为圣人、大圣、至圣不断，帽子越来越大越高。有的人看了这些帽子有点眼红，但中国只有这一个最高的圣人，作为中华民族的文化象征，帽子怎么高也不过分。

　　《仲尼弟子列传》他列了三十五人有年龄的，又列了四十二人无准确年龄的。共七十七人。这也是其他各家所没有的特殊待遇。

　　《儒林列传》列了孔子最主要的弟子，战国时代的儒家代表人物，直到汉代的经学博士，最后是董仲舒。司马迁听过董仲舒的讲学，他在《史记》中多次提到董仲舒。记载了从孔子到董仲舒的儒学传授过程，以及儒家人物。在《太史公自序》中，有这么一段记载：太史公曰：“余闻董生曰：‘周道衰废，孔子为鲁司寇，诸侯害之，大夫壅之。孔子知言之不用，道之不行也，是非二百四十二年之中，以为天下仪表，贬天子，退诸侯，讨大夫，以达王事而已矣。’子曰：‘我欲载之空言，不如见之于行事之深切著明也。’”“董生”，服虔曰：“仲舒也。”这就是说，司马迁撰写《史记》的指导思想，与董仲舒和孔子的说法有一定的关系。这就是说，司马迁亲聆董仲舒的教诲。

　　先秦诸子百家，著名的有管子、孙子、老子、墨子、商鞅、庄子、公孙龙子、惠施……诸多名人名家，哪一位学者也没有进入“世家”与诸侯并列，哪一位大师的系列弟子也没有专门列传，研究哪一派的历代学者也没有专门列传，道、墨也称显学，却没有《道林列传》，也没有《墨林列传》。要不是独尊儒术，《史记》的这些写法，就很难解释。