不仅是查禁，在编修过程中，《四库全书》还将所收古籍进行篡改，对其中与清代统治者利益相关的明朝人的文学和历史作品遭到大力剿灭，而且殃及北宋南宋。《四库全书》的编纂者对于反映民族矛盾、民族压迫和民族战斗精神的作品尽量摒弃和抽毁，对于不能不收录的名家名作则大肆篡改。如岳飞《满江红》名句“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”。“胡虏”、“匈奴”在清代是犯忌的。于是《四库全书》馆臣把它改为“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”。张孝祥名作《六州歌头-长淮望断》描写北方孔子家乡被金人占领：“洙泗上，弦歌地，亦膻腥。”“膻腥”犯忌，改作“凋零”。陈亮的《水调歌头-不见南师久》词云：“尧之都，舜之壤，禹之封。于中应有，一个半个耻臣戎。”“耻臣戎”犯忌，改作“挽雕弓”。还有更荒谬的，辛弃疾的《永遇乐-千古江山》中的“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”是南朝宋开国皇帝刘裕的小名，“宋主”可以说是他的尊称。这两句的格律也应作“仄平”，两个字的音也都是“仄平”，改为“宋主”并不涉及音律问题；“寄奴”二字也与清朝犯忌的“胡”、“戎”、“夷”、“虏”等了无关涉。那么为什么还要改呢？原因只有一个，那就是用小名称呼帝王，做惯了奴才的《四库全书》馆臣看到就感到别扭，因此即使没有违碍之处也要改。这是多么自觉的奴才态度！难怪鲁迅说《四库全书》不仅藏在内廷，而且“还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国作者里面，也曾有过很有些骨气的人”（《病后杂谈之余》）。至于那些奴才走狗们说什么根据《高宗实录》（这又是一部可以唬人的著作），这个《四库全书》是乾隆帝亲校（够他校一辈子的），纪晓岚亲自三校。这除了给出版界、学术界增添些笑料还能说明什么呢？

与编修《四库全书》同步进行的，是灭绝人性的“文字狱”。整个十八世纪，是“文字狱”最猖獗的时期，也是中国古代历史上最摧残人性的时期。其中，《四库全书》开馆后10年内竟发生了48起“文字狱”。清当局要求民间所有藏书一律献上，如私自收藏保存“禁毁本”一旦被当局发现，必遭大祸。

直到嘉庆年间，文字狱的阴影仍笼罩着文坛，知识分子余悸尚存，所以龚自珍有“避席畏闻文字狱，著书都为稻粱谋”，以及“万马齐喑亦可哀”的叹息。一代宗师孟森要感叹：“明清之间著述，几遭尽毁”，“始皇当日焚书之厄，决不至离奇若此！”

所以，《四库全书》编修的过程，就是一部清帝为铲除异己而大兴“文字狱”、压制人文思想的过程。可悲的是，这种野蛮镇压的方式恰恰出现在西方人文思想蓬勃兴起后。就这样，满清统治者以一家私欲对中国人文思想野蛮镇压，将卑劣之品行输给整个中华大地，结果就是全方位的祸害了中国，其遗毒至今未除。具有讽刺意味的是，《四库全书》是在《百科全书》出版后第二年开始修订。前者祸害中华几百年，后者造福人类无止境。两部书一出，中西命运便已决定，叹！